San Juan del Cesar tiene una extensión de 1.092 kilómetros cuadrados, lo que corresponde al 5.4% del total de la extensión de todo el Departamento de la Guajira. Tiene una altitud de 213 m.s.n.m. y una temperatura promedio de 27 grados centígrados. Limita al NORTE con el Municipio de Riohacha, capital del departamento, por el SUR con Villanueva, ESTE con el Municipio de Fonseca y la República de Venezuela, y por el OESTE con el norte del Departamento del Cesar. Políticamente está dividido por nueve (9) corregimientos, catorce (14) inspecciones de policía y veinticuatro (24) veredas. Su territorio ocupa gran parte del valle del río Cesar y Cañaverales, de las estribaciones de la Sierra Nevada de Santa Marta y de la Serranía del Perijá.