Según los datos históricos, San Juan del Cesar, fue fundado el día 24 de Junio de 1701 por el Mayor FELIX ARIAS, y habitado inicialmente por familias de origen Francés, Italiano, Español, Portugués, Alemán, Turco y Africano, dando así paso a la raza blanca, mestiza y mulata de la provincia. Igualmente la historia habla del Cacique Arhuaco "Marocazzo" quien provino de la Sierra Nevada de Santa Marta en compañía de un grupo indígena, para construir unas chozas en la región. Edificaron las casas sobre una base circular lítica, cubierta de madera y techo de palma de Zará, exactamente en el sitio en donde hoy se encuentra el viejo tanque del acueducto municipal. Este pequeño poblado lo llamaron Yiyirigak Zazarí (Loma del Cesar).

Conformado su asentamiento en estas tierras y el caserío a orillas del río Cesar, San Juan del Cesar surgió como un pueblo condenado a la soledad, de gente honesta y trabajadora, de abuelos que impusieron la estructura social en un mundo de realidades en donde no existía distingo de clases ni de color.



Con anterioridad a 1954, cuando fue creada la intendencia de La Guajira, perteneció a las diferentes categorías que tuvo el Magdalena, pasando en 1964 a ser uno de los municipios de la naciente división político-administrativa.